C’est pendant le règne de l'impératrice Marie-Thérèse d'Autriche qu’ouvrent vers 1670 les premières brasseries, dans la rue Plaetis, située dans le quartier Grund à Luxembourg-Ville. Près d'un siècle plus tard, en 1764, l’une d’elles devient la brasserie Funck.
Loin des brasseries de la Capitale, Jean-Baptiste Bofferding créé la brasserie Bofferding, à Bascharage dans le Sud du Luxembourg, à l’endroit même où se trouve encore aujourd’hui la Brasserie Nationale.
Négociant en spiritueux, Charles Battin fonde en 1937 sa propre brasserie à Esch/Alzette, la brasserie Battin.
C’est en 1975 que naît la Brasserie Nationale de la fusion entre la brasserie Funck-Bricher et la brasserie Bofferding. La nouvelle société, possédée à parts égales par les familles Bofferding et Lentz, choisi de rassembler tous ses outils de production sur le site de Bascharage et de ne produire plus que sous une seule marque : Bofferding.
La Brasserie Nationale orchestre dès 1986 toute une série de chantiers de modernisation pour permettre une production à plus grande échelle.
Dans une volonté de réorganiser la distribution de ses produits, la Brasserie Nationale rachète en 1999 Munhowen Distribution, qui devient l’unique revendeur des produits issus de la brasserie.
La brasserie Battin, avec qui la Brasserie Nationale entretient depuis des décennies une entente cordiale et commerciale, est racheté en 2004. Sa production rejoint le site de Bascharage, tout en continuant d’être produite sous le nom de Battin.
Plus de 30 ans après sa disparition, la marque Funck-Bricher fait son grand retour en 2018 avec une nouvelle bière pauvre en gluten, bio et vegan.
En 2020, la Brasserie Nationale annonce le lancement de son eau minérale naturelle Lodyss. Une eau d’une qualité et pureté exceptionnelle, utilisée de puis longtemps déjà pour le brassage des bières de la brasserie.